中华人民共和国恢复对澳门行使主权后，澳门特别行政区与台湾地区的关系，是两岸关系的特殊组成部分。澳门的涉台问题，凡属涉及国家主权和两岸关系的事务，由中央人民政府安排处理，或者由澳门特别行政区政府在中央人民政府的指导下处理。依据“一个中国”的原则和"一国两制"方针，中央人民政府确定的处理"九九"后澳门涉台问题的基本原则和政策是：

　　一、澳、台两地现有的各种民间交流交往关系，包括经济文化交流、人员往来等，基本不变。

　　二、鼓励、欢迎台湾居民和台湾各类资本到澳门从事投资、贸易和其他工商活动。台湾居民和台湾各类资本在澳门的正当权益依法受到保护。

　　三、根据"一个中国"的原则，澳门特别行政区与台湾地区间的空中航线和海上运输航线，按"地区特殊航线"管理。澳门特别行政区与台湾地区间的海、空航运交通，依双向互惠原则进行。

　　四、台湾居民可根据澳门特别行政区法律进出澳门地区，或在当地就学、就业、定居。现行的入出境方式基本不变。为方便台湾居民出入澳门，中央人民政府将就其所持证件等问题作出安排。

　　五、澳门特别行政区的教育、科学、技术、文化、新闻、出版、体育、康乐、专业、医疗卫生、劳工、妇女、青年、归侨、社会福利、社会工作等方面的民间团体和宗教组织，在互不隶属、互不干涉和互相尊重的原则基础上，可与台湾地区的有关民间团体和组织保持和发展关系。

　　六、澳门特别行政区与台湾地区之间以各种名义进行的官方接触往来、商谈、签署协议和设立机构，须报请中央人民政府批准，或经中央人民政府具体授权，由特别行政区行政长官批准。

　　七、台湾现有在澳门的机构可以适当的名称继续留存， 这些机构和人员在行动上要严格遵守《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》，不得违背"一个中国"的原则，不得从事损害澳门的安定繁荣以及与其注册性质不符的活动。我们鼓励、欢迎他们为祖国的统一和保持澳门的稳定发展作出贡献。

　　这些原则和政策符合澳台两地同胞的共同利益，有利于保持澳门繁荣稳定，发展澳台民间交往，促进两岸关系。对于继续保持和规范澳门、台湾两地的交流交往具有重要意义。